Au XIVe siècle on trouve référence de la « maladrerie (malades contagieux) et de la chapelle Sainte Marguerite ».
Il s’agit de Sainte Marguerite d’Antioche de Pisidie (une des deux voix entendues par Jeanne d’Arc), vierge et martyre, décapitée à l’âge de 20 ans après avoir été dénoncée par son père comme chrétienne. Elle est invoquée pour l’heureuse délivrance des femmes enceintes et se fête le 20 juillet.
Au XVIe siècle, ce sont des religieuses franciscaines qui occupent les lieux. Après leur départ, ce sont des religieux franciscains, des récollets, qui s’établissent et y restent jusqu’à la révolution. La communauté se développe rapidement, à tel point qu’elle envoie quelques membres évangéliser les Hurons au Canada.
L’inventaire du couvent Sainte Marguerite signale une chapelle de « 106 pieds sur 29 en murs de moellons ; une maison conventuelle ».
Il est fermé, en vertu de la loi, en 1792.
Appelé « Bois joli » l’ensemble est vendu pour devenir propriété privée sans doute racheté et transformé en château par un général napoléonien. Lui succèderont, aux XIXe et XXe, différentes familles.
En 1836, sous les arbres du Parc de Sainte-Marguerite, on découvrira de nombreux sarcophages. L’histoire n’en dit pas plus, l’imagination oui !
En 1955, la dernière famille vendra à un antiquaire parisien de la place Vendôme qui rénovera et ajoutera le balcon central.
En 1961, les organisations professionnelles agricoles cherchent un lieu adapté à l’accueil des groupes en formation : elles y font de nouvelles transformations pour assurer un hébergement de groupe, une restauration et un lieu d’accueil convivial.
En 1999, une SCI monégasque achète le Domaine Sainte-Marguerite en vente pour y implanter une œuvre de jeunesse, au service des étudiants et des adolescents.
Pour la petite histoire, sur cette terre de Sainte-Marguerite, on pourra noter à travers les siècles le passage ou la demeure de quelques noms célèbres : Général Lasalle, Brillat-Savarin, Casimir-Périer, Raymond Barre, Michel Rocard.